Toyota Land Cruiser Prado mới tại Nhật Bản đã trở về quê hương với nhiều sự khác biệt so với phiên bản ra mắt ở Bắc Mỹ, bao gồm cả việc đổi tên thành Toyota Land Cruiser 250 Series. Thay đổi này có thể nhằm mục đích đồng bộ hóa với dòng Land Cruiser 300 Series.
Phiên bản tại Nhật không cung cấp tùy chọn hybrid như phiên bản Bắc Mỹ. Thay vào đó, có hai lựa chọn động cơ gồm một dòng diesel tăng áp 2.8L và một dòng xăng 2.7L. Động cơ diesel sản sinh công suất 201 mã lực và mô-men xoắn 500Nm, trong khi động cơ xăng sản sinh công suất 160 mã lực và mô-men xoắn 246Nm. Cả hai đều được kết hợp với hộp số tự động 6 hoặc 8 cấp và hệ dẫn động 2 cầu toàn thời gian.
Toyota Land Cruiser 250 Series tại Nhật có thiết kế giống với các phiên bản ra mắt ở các thị trường quốc tế. Khung gầm sử dụng loại TNGA-F giống với Land Cruiser 300 Series, tạo ra không gian cabin rộng rãi cho 5 đến 7 chỗ ngồi. Chiều dài xe là 4.925mm và chiều dài cơ sở là 2.850mm.
