Theo quy định tại Điều 19 của Nghị định số 03/2016/NĐ-CP ngày 5/1/2016 của Chính phủ, điều chỉnh và hướng dẫn thực hiện một số điều trong Luật Dân quân tự vệ liên quan đến chế độ phụ cấp đặc thù quốc phòng, quân sự, chỉ huy phó Ban Chỉ huy quân sự cấp xã được hưởng chế độ này. Mức hưởng là 50% tổng số phụ cấp hiện có bao gồm: Phụ cấp hàng tháng; phụ cấp trách nhiệm quản lý, chỉ huy đơn vị; phụ cấp thâm niên.
Thời gian tính hưởng phụ cấp đặc thù quốc phòng, quân sự được tính từ ngày có quyết định bổ nhiệm cho đến khi có quyết định thôi giữ chức vụ đó. Trong trường hợp giữ chức vụ từ 15 ngày trở lên trong tháng, phụ cấp được hưởng toàn bộ tháng đó; nếu giữ chức vụ dưới 15 ngày trong tháng, phụ cấp sẽ được hưởng 50% của tổng phụ cấp đặc thù quốc phòng, quân sự của tháng đó.
